Reforma służby zdrowia realizowana była niejako na trzech płaszczyznach: przekształcania zakładów opieki zdrowotnej z jednostek budżetowych w samodzielne ZOZ-y, zmiany zasad finansowania świadczeń medycznych (powszechne ubezpieczenie zdrowotne), przejęcie przez samorządy terytorialne zadań z zakresu ochrony zdrowia (stały się organami założycielskimi dla publicznych ZOZ-ów). Na terenie województwa małopolskiego samorząd terytorialny przejął 124 zakłady opieki zdrowotnej, w tym samorząd wojewódzki 29 zakładów, powiaty i miasta na prawach powiatu - 45, gminy - 50 zakładów.
Lata 1999-2001 to również czas dynamicznego wzrostu ilości zakładów opieki zdrowotnej. W 1999 r. na terenie Małopolski zarejestrowano 317 nowych zakładów (w tym 270 niepublicznych), w 2000 r. kolejnych 250 (203 niepubliczne). Na dzień 31 marca 2001 r. w prowadzonym przez Wojewodę Małopolskiego rejestrze zakładów opieki zdrowotnej znajdowało się 1126 zakładów, w tym 246 publicznych i 890 niepublicznych.
Po wprowadzeniu reformy ochrony zdrowia służby Wojewody Małopolskiego dokonały oceny sytuacji finansowej samodzielnych publicznych zakładów opieki zdrowotnej. Spośród 29 zakładów opieki zdrowotnej pozostających w gestii samorządu wojewódzkiego na koniec 2000 r. 15 jednostek wykazywało zobowiązania wymagalne na łączną kwotę 31.933.368,00 zł. Wśród 45 jednostek podległych samorządom powiatowym 36 zakładów opieki zdrowotnej wykazywało zobowiązania wymagalne. Sytuacja 14 z nich była niekorzystna, gdyż poziom zabezpieczenia spłaty zobowiązań posiadanymi środkami pieniężnymi na rachunku nie przekraczał 20%. Na 105 jednostek należących do gmin 84 posiadały zobowiązania wymagalne. W końcu 2000 r. w trudnej sytuacji znalazło się 20 samodzielnych publicznych zakładów opieki zdrowotnej. Są to jednostki, dla których zabezpieczenie spłaty zobowiązań wymagalnych posiadanymi środkami pieniężnymi na rachunku nie przekracza 20%, przy czym 14 z nich wykazało poziom zobowiązań wymagalnych wyższy od 1 mln zł. Wszystkie SP ZOZ-y Województwa Małopolskiego na dzień 31 grudnia 2000 r. wykazywały na rachunkach bankowych łączną kwotę ponad 84 mln zł, stan należności wynosił łącznie ponad 117 mln zł, stan zobowiązań wymagalnych - ponad 148 mln zł. Można więc stwierdzić, że sytuacja finansowa samodzielnych publicznych zakładów opieki zdrowotnej Województwa Małopolskiego uległa znacznej poprawie w porównaniu do okresu sprzed reformy. W 1998 r. wysokość zobowiązań ZOZ-ów - jednostek budżetowych przekraczała 300 mln zł., a zobowiązania z tytułu zadłużenia za leki dla uprawnionych wyniosły 280 mln zł..

W województwie małopolskim realizowane są działania w ramach tworzonego nowego systemu ratownictwa medycznego. Od 1999 r. Minister Zdrowia przekazuje środki na wsparcie realizacji Programu Zintegrowanego Ratownictwa Medycznego. W r. 1999 województwo małopolskie otrzymało dofinansowanie w łącznej wysokości 4.071.294,00 zł. W bieżącym roku przewidywana kwota dofinansowania wynosi 4 800 000 zł. Uruchomienie systemu planuje się w 2002 r.. Środki finansowe otrzymane w ramach tego programu przekazywane są sukcesywnie do zakładów opieki zdrowotnej na tworzenie szpitalnych oddziałów ratunkowych, zespołów ratownictwa medycznego oraz centrów powiadamiania ratunkowego. Docelowo zakłada się utworzenie Centrum Powiadamiania Ratunkowego w każdym z powiatów województwa małopolskiego. W ramach tych środków realizowane są zakupy ambulansów reanimacyjnych, sprzętu niezbędnego do uruchomienia ośrodków ratownictwa, które spełniałyby wytyczne Ministerstwa Zdrowia.

W r. 2000 rozpoczęte zostało opracowywanie Regionalnych Programów Restrukturyzacji w ochronie zdrowia. Celem Programu jest utrzymanie optymalnej liczby szpitali i łóżek zapewniającej racjonalne wykorzystanie istniejącej bazy i odpowiednią strukturę podaży świadczeń medycznych. Na terenie województwa małopolskiego został powołany przez organy wykonawcze samorządów terytorialnych Regionalny Komitet Sterujący, w którym Wojewoda pełni rolę obserwatora.
W r. 2000, w ramach programów restrukturyzacyjnych, z budżetu państwa dla Małopolski przyznano łącznie kwotę 26.444.529,00 zł. W 2001 r. Regionalny Komitet Sterujący w Krakowie przyjął "Małopolski Program Restrukturyzacji w Ochronie Zdrowia w 2001 r." opracowany zgodnie z założeniami Ministra Zdrowia, zawierający propozycje finansowania 123 zadań w samodzielnych publicznych zakładach opieki zdrowotnej na łączną kwotę 23.899.500,00 zł. Specjalne miejsce w Programie zajmuje restrukturyzacja zatrudnienia. W bieżącym roku zostało zgłoszonych 41 wniosków przewidujących zwolnienie 2.235 osób, a łączna kwota odpraw i odszkodowań wynosi 9.496.281 zł.

W Wydziale Zdrowia Małopolskiego Urzędu Wojewódzkiego w Krakowie opracowywany został projekt mający na celu ocenę dostępności świadczeń medycznych na terenie województwa w czterech podstawowych obszarach funkcjonowania opieki zdrowotnej - opiece podstawowej, szpitalnej, specjalistycznej oraz pomocy doraźnej. Efektem zrealizowanego projektu jest obszerny raport "Ocena dostępności świadczeń medycznych na terenie województwa małopolskiego po wprowadzeniu reformy służby zdrowia". Wnioski wypływające z raportu najogólniej można podsumować w sposób następujący: najlepsza dostępność istnieje w zakresie podstawowej opieki zdrowotnej, na większości obszaru województwa istnieje wystarczająca dostępność do pomocy doraźnej, stwierdzono ograniczenia w dostępie do niektórych świadczeń specjalistyki ambulatoryjnej, istnieją również przypadki nierównego dostępu do deficytowych świadczeń szpitalnych. Wskazane są działania na rzecz poprawy dostępności. Działania te - już w chwili obecnej - zostały podjęte z inicjatywy Wojewody Małopolskiego.

W latach 1999 i 2000 Wojewoda Małopolski realizował trzy duże inwestycje wieloletnie w zakresie służby zdrowia.
Na rozbudowę Kliniki Kardiochirurgii w Krakowskim Specjalistycznym Szpitalu im. Jana Pawła II w Krakowie w 1999 r. przekazano środki w wys. 28.647.000,00 zł, dodatkowe środki własne inwestora: 3.466.000,00 zł. Zakończono i oddano do użytkowania nowy budynek o 80 łóżkach i 6 salach operacyjnych oraz pomieszczenia Zakładu Hemodynamiki i Angiografii. Przekazano również do użytkowania Ambulatorium Konsultacyjne z Centralną Izbą Przyjęć oraz obiekty pomocnicze - kotłownię gazowo-olejową, agregatornię ze zbiornikiem paliw, nowa portiernię i łącznik pomiędzy Kliniką Kardiochirurgii i Kliniką Kardiologii. Przekazanie do użytkowania nastąpiło w r. 2000.
Budowa Szpitala im. Jan Pawła II w Nowym Targu jest realizowana przez Starostwo Powiatowe w Nowym Targu wyłącznie ze środków budżetu państwa. Limit w latach 1999 do 2000 wyniósł 15.000.000,00 zł. W ramach przekazanych środków wykonano prace wykończeniowe wraz z wyposażeniem kuchni, oddano do zagospodarowania pomieszczenia bakteriologii, przygotowano montaż wind, uszczelniono dach oraz wyposażono w sprzęt medyczny poradni specjalistyczne, przekazano do użytkowania pomieszczenia bakteriologii. Starostwo Powiatowe w Nowym Targu przewiduje zakończenie budowy szpitala w 2004 r. W r. 2001 finansowanie inwestycji realizowane jest w ramach kontraktu Województwa Małopolskiego.
Budowa Szpitala Miejskiego w Chrzanowie realizowana przez Starostwo Powiatowe w Chrzanowie również wyłącznie ze środków budżetu państwa (limit 1999 do 2000 r. wyniósł 22.000 000,00. zł). W okresie tym zakończono prace budowlane oraz wyposażono obiekty w niezbędny sprzęt medyczny. Wybudowano obiekt anatomii patologicznej, warsztaty, wykonano ukształtowanie terenu, parkingi wraz z ogrodzeniem i oświetleniem terenu. Szpital posiada 462 łóżka. Zakupiono sprzęt i aparaturę medyczną. Starostwo w Chrzanowie przewiduje zakończenie inwestycji w 2001 r., w ramach kontraktu Województwa Małopolskiego.