Obok występujących w Małopolsce licznych strukturalnych barier poprawy struktury agrarnej i rozwoju opłacalnej produkcji rolniczej, obszary wiejskie w Małopolsce dysponują atutami, które mogą być użyteczne dla ich gospodarczej aktywizacji. Zaliczyć do nich należy: zasoby mieszkaniowe, gęstą sieć osadniczą oraz sieć dróg lokalnych, silne poczucie tożsamości lokalnej, tradycje rzemiosła, chałupnictwa i drobnej wytwórczości, pozarolnicze doświadczenie i umiejętności rolników, zwłaszcza związane z budownictwem i handlem, kapitał transferowany w następstwie pracy członków rodziny zagranicą, lokalne złoża wód mineralnych i geotermalnych, obszary o wysokich walorach przyrodniczych, krajoznawczych i turystycznych.

Na terenie Małopolski od 25 lipca 2000 r. działa Program Banku Światowego pn. "Aktywizacja Obszarów Wiejskich" przygotowany przez Misję Banku Światowego w Polsce na wniosek Rządu Rzeczypospolitej Polskiej. Głównymi celami programu są: zwiększenie pozarolniczego zatrudnienia na obszarach wiejskich, wsparcie procesów decentralizacji samorządów i rozwoju regionalnego, zapewnienie Polsce pomocy w budowaniu potencjału instytucjonalnego niezbędnego do uzyskania funduszy przedakcesyjnych i strukturalnych Unii Europejskiej.

W wyniku podejmowanych przez Wojewodę Małopolskiego działań 81 gmin województwa małopolskiego otrzymało w zakresie rolnictwa i obszarów wiejskich dofinansowanie z rezerwy celowej budżetu państwa na pokrycie kosztów realizacji projektów gmin współfinansowanych w ramach programu PHARE INRED, STRUDER 2, TOURIN III i CREDO oraz UE ODBUDOWA na łączną kwotę 25 065 955 zł. W r. 1999 łączna kwota dofinansowania wynosiła 10 024 472 zł., w ramach których zrealizowano 34 inwestycje. W r. 2000 łączna kwota dofinansowania wynosiła 15 041 483 zł., w ramach których zrealizowano 51 inwestycji. Do uprawnień Wojewody należy szacowanie szkód powstałych w wyniku klęsk żywiołowych oraz występowanie z wnioskami do Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi o uruchomienie kredytów klęskowych dla gospodarstw rolnych dotkniętych stratami. W 1999 r. Wojewoda Małopolski zarządził powołanie specjalnej Komisji Wojewódzkiej do Spraw Szacowania Skutków Klęsk Żywiołowych w Rolnictwie. Na podstawie działań Komisji Wojewoda wystąpił do Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z wnioskami o uruchomienie kredytów klęskowych dla gospodarstw rolnych. Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi uruchomił preferencyjną linie kredytową dla poszkodowanych rolników. W związku z tym Wojewoda wydał już dla poszkodowanych 496 opinii uprawniających do zaciągnięcia kredytu na kwotę 1.684 tys. zł.

Do ważniejszych zadań podejmowanych przez Wojewodę Małopolskiego w zakresie rolnictwa w 2001 r. należało wspieranie z rezerwy celowej budżetu państwa programu wojewódzkiego "Aktywizacja zawodowa mieszkańców wsi i małych miast województwa małopolskiego" w wysokości 5 915 tys. zł. oraz dofinansowania z budżetu Wojewody Małopolskiego zadań realizowanych przez podmioty w zakresie upowszechniania doradztwa rolniczego na terenie województwa małopolskiego w wysokości 283 tys. zł.

W wyniku działań podejmowanych przez Wojewodę wspólnie z Zarządem Województwa Małopolskiego pozyskano dodatkowo środki w kwocie 7 mln zł. na dokończenie robót w ramach zadań dotyczących podwyższenia wałów wiślanych w Krakowie. W ramach środków pochodzących z Banku Rozwoju Rady Europy oraz rezerwy celowej budżetu państwa w łącznej wysokości ok. 25 mln zł. kontynuowane są zadania w zakresie usuwania skutków powodzi w zakresie urządzeń melioracyjnych.

Na mocy Ustawy z dnia 15 września 2000 r. o grupach producentów rolnych i ich związkach oraz Rozporządzenia Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 15 marca 2001 r. Wojewoda prowadzi rejestr grup producentów rolnych.