W wyniku reformy administracji publicznej dokonano przekazania części mienia Małopolskiego Urzędu Wojewódzkiego w Krakowie na rzecz jednostek samorządu terytorialnego (województwa i powiatów). Na mocy decyzji Wojewody Małopolskiego przekazano z ewidencji majątkowej Małopolskiego Urzędu Wojewódzkiego na rzecz Województwa Małopolskiego składniki majątkowe o łącznej wartości 638 148, 20 zł (1 127 szt.), a na rzecz powiatów o wartości 3 236 265, 74 zł (3 142 szt.).
W związku z przeprowadzoną reformą administracji publicznej doszło również do przejęcia przez Małopolski Urząd Wojewódzki w Krakowie nieruchomości znajdujących się w zarządzie Urzędów w Nowym Sączu i Tarnowie. W chwili rozpoczęcia reformy w trwałym zarządzie lub władaniu MUW w Krakowie znajdowało się 36 nieruchomości. Obecnie jest to 29 nieruchomości, przy czym dwie z nich są zajmowane częściowo przez Urząd Marszałkowski i Powiat Krakowski.
Jednostki samorządu terytorialnego otrzymują za pośrednictwem budżetu Wojewody dotacje na realizację zadań bieżących z zakresu administracji rządowej. Zorganizowano system obsługi finansowej, umożliwiający przekazywanie środków z tytułu dotacji dla 205 jednostek samorządu terytorialnego. Dodatkowo na bieżąco rozpatrywane są wnioski jednostek samorządu terytorialnego w sprawie dofinansowania konkretnych zadań. W miarę istniejących możliwości Wojewoda wspomaga niektóre samorządy, np. w 1999 r. dofinansowanie przekazano siedmiu gminom (łącznie 27 500 zł), a w 2000 r trzem (łącznie 58 368 zł).