W zakresie ochrony środowiska w Małopolsce znaczącym zadaniem pozostaje realizacja inwestycji "Ochrona Dorzecza Górnej Raby i Ochrona Zbiornika Dobczyckiego". Ma ono na celu zapobieżenie degradacji Zbiornika Dobczyckiego, będącego głównym źródłem wody pitnej dla Krakowa i okolicznych miejscowości. Koszt realizacji kształtuje się na poziomie 400 mln zł, (z czego 50% z budżetu państwa) i obejmuje budowę sieci kanalizacyjnych (750 km) i 24 oczyszczalni ścieków wraz z układem pompowni. Zrealizowano już około 150 km kanalizacji oraz oczyszczalnię w Rabce -wydatkowano kwotę 85 mln zł. W bieżącym roku inwestor będzie realizował inwestycję o wartości 43 mln zł., z czego 21 mln z budżetu państwa. Wojewoda Małopolski kontroluje przebieg całej realizacji zgodnie z procedurą.
W 1999 r. Małopolska przejęła po byłym województwie nowosądeckim budowę kolektora i oczyszczalni ścieków w Zakopanem. Przy szpitalu Św. Łukasza w Tarnowie - realizowana była spalarnia odpadów, finansowana z programu Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska. Wojewoda Małopolski, jako nowy inwestor doprowadził przedsięwzięcia do końca.

W r. 2000 rozpoczęto obsługę programu PLC-4, tj. Czwartej Okresowej Oceny Ładunków Zanieczyszczeń Odprowadzanych do Morza Bałtyckiego, stanowiącego realizację zobowiązań Polski w sprawie ochrony wód Bałtyku. Celem programu jest ustalenie ładunku zanieczyszczeń odprowadzanych z punktowych i obszarowych źródeł z terenu Polski. Według danych GUS na koniec 1999 r tylko 27,68% mieszkańców Małopolski odprowadzało swoje ścieki do urządzeń komunalnych zakończonych oczyszczalniami. Dzięki nowym inwestycjom (zrealizowano w sumie 15 obiektów) w r. 2000 powyższy odsetek wyniósł 30,22 %.

Na mocy umowy zawartej dnia 14 maja 1997 r. w Warszawie między Rządem RP a Rządem Republiki Słowackiej monitorowana jest jakość wód rzek granicznych. W ramach tej współpracy wykonywane są badania jakości wód cieków granicznych: Dunajca, Popradu, Czarnej Orawy w zakresie wskaźników fizykochemicznych, bakteriologicznych i hydrobiologicznych.
W ramach monitoringu zanieczyszczeń powietrza w województwie małopolskim dokonano weryfikacji dotychczasowej sieci pomiarowej i zmieniono lokalizację punktów pomiarowych. Trzy stacje automatycznego monitoringu powietrza zlokalizowano w Krakowie. Kolejne zostały zainstalowane we współpracy ze specjalistami z Amerykańskiej Agencji Ochrony Środowiska w dużych miastach województwa - Nowym Sączu, Tarnowie i Zakopanem. Od 2000 r. 4 stacje pomiarowe sieci automatycznego monitoringu zanieczyszczeń powietrza zostały włączone do europejskiej sieci EUROAIRNET, jako spełniające wymagania Unii Europejskiej, natomiast sieć monitoringu rzek i jezior - do europejskiej sieci EUROWATERNET.

Wojewoda Małopolski zaakceptował program ograniczania uciążliwości Zakładów Azotowych w Tarnowie - Mościcach S. A dla środowiska na lata 2001 - 2005. Zaaprobowanie programu doprowadziło do warunkowego skreślenia tarnowskich "Azotów" z listy 80-ciu najbardziej uciążliwych dla środowiska zakładów przemysłowych w skali kraju. Natomiast jego wykonanie umożliwi całkowite skreślenie z listy. Wdrożenie programu przyczyni się nie tylko do poprawy stanu środowiska w Tarnowie, ale także rozwoju przedsiębiorstwa stanowiącego miejsce pracy wielu mieszkańców Małopolski.

Pod koniec maja br. Wojewoda Małopolski skreślił z małopolskiej wojewódzkiej listy zakładów uciążliwych dla środowiska pięć firm: Fabrykę Maszyn "Glinik" S.A. w Gorlicach, Przedsiębiorstwo Drogowo-Mostowe w Brzesku - Wytwórnię Mas Bitumicznych w Woli Dębińskiej, Wytwórnię Sprzętu Komunikacyjnego "Kraków" S.A., Zakłady Naprawcze Taboru Kolejowego "Nowy Sącz" S.A. oraz Zakład Surowców Ogniotrwałych "Górka" S.A. w Trzebini. Skreślenia z listy możliwe było dzięki inwestycjom poczynionym w zakresie ekologii.

Wojewoda Małopolski wielokrotnie występował o zmianę w prawie ochrony środowiska umożliwiającą zmniejszenie stref ochronnych zakładom przemysłowym, które zmniejszyły szkodliwość ekologiczną. 7 czerwca br. Sejm uchwalając Ustawę o wprowadzeniu ustawy o ochronie środowiska umożliwił Wojewodom korygowanie stref ochronnych istniejących wokół dużych zakładów przemysłowych, które zmniejszyły uciążliwość dla środowiska.

Według stanu na 8 stycznia 2001 r. na terenie województwa małopolskiego znajduje się: 6 Parków Narodowych, 11 Parków Krajobrazowych, 10 Obszarów Chronionego Krajobrazu, 83 Rezerwaty Przyrody, 433 Pomniki Przyrody.
5 stycznia 2001 r. Wojewoda Małopolski wydał 6 rozporządzeń na mocy, których powstało 5 nowych rezerwatów przyrody oraz 1 pomnik przyrody: Rezerwat przyrody "Dolina Potoku Rudno", Rezerwat Przyrody "Bembeńskie", Rezerwat Przyrody "Las Gościbia", Rezerwat Przyrody "Kostrza", Rezerwat Przyrody "Lasy Radłowskie", Pomnik Przyrody "Las Chałubińskich". Tereny przyrodnicze objęte ochroną prawną stanowią 66,92 % terenu województwa, co plasuje Małopolskę na pierwszym miejscu w kraju.